До середины XX века река имела длину около 395 км, но в настоящее время в качестве реки сохранилась только на небольшом отрезке от посёлка Шексна до города Череповца (это крупнейшие населённые пункты на ней), поскольку верхнее течение реки затоплено Шекснинским водохранилищем, а нижнее Рыбинским водохранилищем. Сохранился также небольшой участок старого русла Шексны в Рыбинске у её исторического устья — между Рыбинской ГЭС и Волгой.
Питание преимущественно снеговое. Среднегодовой расход воды — в 28 км от устья 172 м³/с. Замерзает в конце октября — декабре, вскрывается в апреле — начале мая.
Входит в состав Волго-Балтийского водного пути и Северо-Двинской водной системы. На реке 2 гидроузла — Шекснинская ГЭС и Рыбинская ГЭС.
Площадь бассейна теперешней Шексны составляет 19 400 кв км. Впервые Шексна упоминается в «Повести временных лет» за 1071 год, где пишется о том, что в Белозерье приплыл по Шексне боярин Ян, который по велению киевского князя Святослава собирал налоги. Шексна была важным торговым путем, который связывал Белое море и Волгу. В начале 19 века Шексна вошла в состав Мариинской водной системы. Существует много версий о происхождении названия реки – Шексна. Впервые этот топоним зафиксировала древнерусская «Повесть временных лет» в 1071 году. В писцовой книге 1544 года встречается иная форма названия реки – Шехсна, в писцовой книге 1585 года можно встретить название Шехна. В ряде книг этот топоним обозначает «Извилистая река», в угорской летописи – происходит от слова «шангес» – приток, также встречаются значения – «болотная трава», «дятел» и т.д. Но наиболее вероятным считается происхождение от составляющих «Шок», обозначающий «речной рукав» и «сна», то есть «левый приток реки».
Раньше, до сооружения Шекснинского водохранилища горизонт воды реки Шексны лежал на высоте 111 метров над уровнем моря, а впадала Шексна в Волгу на отметке 85 метров. В те времена в верхнем течении на протяжении более 100 км река была сильно порожистой, что серьезно затрудняло судоходство. В конце 19 века на ней стали сооружаться шлюзы Мариинской системы. Подпорная плотина в истоке реки подняла уровень в Белом озере на полтора метра,, что позволяло поддерживать необходимый уровень воды между шлюзами в период навигации. В старину по Шексне, как и по Волге, сплавляли лес, тянули баржи бурлаки. Позднее на смену им пришла конная, а в конце 19 века – туэрная тяга. Сооруженные в 20 веке плотины, Рыбинская и Шекснинская, приняли на себя все падение реки Шексны в 26 метров, ранее растянутое более чем на 400 верст. Подпор плотины Рыбинской ГЭС доходит как раз до подножия плотины Шекснинской ГЭС, а высота последней была заложена проектировщиками с таким расчетом, что созданное ей водохранилище скрыло в себе не только все верхнее течение реки Шексны, но и подняло уровень самого Белого озера. Территория, затопленная Рыбинским и Шекснинским водохранилищами по площади равна такому государству, как Люксембург - лишний повод для гордости за нашу страну для всех любителей речных круизов.
